Der Wanderverband Bayern und seine Regionalverbände sind in sechs Fachbereichen aktiv:

Die Arbeitsschwerpunkte in den einzelnen Regionalverbänden sind allerdings unterschiedlich.

In den Mitgliedsvereinen werden Fachwarte gewählt, die ihren Fachbereich repräsentieren. Diese wählen wiederum in ihrem Fachbereich einen Hauptfachwart, der sie auf Landesebene vertritt. Die Hauptfachwarte der einzelnen Fachbereiche sind gleichzeitig Mitglieder im Vorstand des Wanderverbandes Bayern.